Dva dana nakon proglašenja neovisnosti u Sloveniji je izbio kratkotrajni rat (od 27. lipnja do 6. srpnja) u kojem su lokalne jedinice JNA, popunjene uglavnom ročnim vojnicima, ušle u sukob s malom slovenskom vojskom kojom je zapovijedao Janez Janša kako bi spriječili neovisnost te republike.
Još 1990, JNA je pokušala razoružati slovensku TO, ali je uspjela pokupiti samo 40 do 60 % oružja. Ovaj čimbenik što JNA nije uspjela razoružati TO Slovenije, znatno je pridonio uspjehu slovenske obrane.
Slovenske snage napustile su JNA i pridružili se novoj slovenskoj vojsci i njenoj policiji. 1991. Srbi i Crnogorci su činili 38,8 % stanovništva Jugoslavije, ali su činili 70 % udjela u činovnicima JNA.
Prvi metak u tom ratu ispalio je oficir JNA-a u mjestu Divača u 14 sati i 30 minuta 27. 6. 1991. Do večeri istoga dana već je bilo i ljudskih žrtava i srušenih helikoptera. JNA je do kraja dana uspio zauzeti sve granične prijelaze prema Italiji, većinu prijelaza prema Austriji i nekoliko prijelaza prema Hrvatskoj.
Glavni organizatori borbe na slovenskoj strani bili su tadašnji slovenski ministar obrane Janez Janša i ministar unutrašnjih poslova Igor Bavčar. JNA vodili su general armije Veljko Kadijević, kao ministar obrane SFRJ-a, i general-pukovnik Blagoje Adžić, kao šef generalštaba. Rat u Sloveniji ukupno je trajao deset dana.
Poginulo je više od 70 ljudi, od čega otprilike 19 Slovenaca, 44 pripadnika JNA-a i još 12 stranaca. Ranjena su približno 182 Slovenca i 146 pripadnika JNA-a.
Rat u Sloveniji mnogi smatraju prvim pravim ratnim sukobom u Europi nakon završetka Drugog svjetskog rata 1945. godine.